磐安县自然生态保护中心主要职责是：
（一）组织起草生态保护规划和生态环境规划，协调和审核生态环境专项规划。
（二）开展全县生态状况评估，组织实施生态示范创建。
（三）承担自然保护地、生态保护红线相关监管的行政辅助工作，协助监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作。
（四）承担指导协调和监督农村生态环境保护，组织开展生物多样性保护，监督野生动植物保护和湿地生态环境保护的行政辅助工作。
（五）承担生态环境损害赔偿制度相关工作。
（六）承担县委县政府美丽磐安建设领导小组办公室的日常工作。